Este es un problema que ha sido publicado en la web oficial de GhostBSD.
Hay un problema al actualizar el paquete system-config-printer. Para ello es necesario desinstalarlo y volver a instalarlo antes de realizar la actuacización.
pkg delete system-config-printer ; pkg install system-config-printer
Una vez realizado este paso ya podemos actualizar el sistema sin problemas desde el System-Manager.